kmdr.

O co chodzi z tymi kropkami? Dlaczego nie uznano tego z błąd (albo przynajmniej nie zmieniono znaczenia na zgodne z zasadami)?
Tym bardziej że większość (bardzo wątpliwej jakości) cytatów z tego WSJP (niezawierającego w ogóle wersji bez kropek) nie dotyczy mianownika.

Jest kmdr Kowalski.
Nie ma kmdr. Kowalskiego.

Istnieje też alternatywna pisownia, pozwalająca dodać ostatnią literę słowa w odpowiednim przypadku - i wtedy również piszemy bez kropki, np.:

Wykład zostanie poprowadzony przez dra Kowalskiego.
Wywiad z mgrem Iksińskim.
itd.

Swoją drogą, można tu zauważyć znamienną prawidłowość stopniowania:
– kmdr – adm.
– mjr – płk – gen.
– mgr – dr – prof.
– ks – bp – kard.
Czy to nie ciekawe, że najwyższe stopnie w hierarchii są nieodmieniane? Przypadek? :) Dlaczego mgr to nie mag., a dr to nie dok.?

Raczej przypadek. Akurat ks. (ksiądz) piszemy z kropką, a są w niektórych dziedzinach(np. w wojsku) niższe stopnie z kropką - szer. , st. szer., st. sierż. sztab. ppor., por., kpt.
Wygląda na to, że skróty kończące się na 'ł' (np. generał - grł) nie przyjęłyby się zbyt dobrze.

Z tymi kropkami jest tak, że jeżeli ostatnią literą skrótu jest równieź ostatnia litera słowa, (czy stopnia), to piszemy skrót bez kropki. A więc: piszemy ks. z kropką, bo chodzi o "ksiądz" i tu ostatnia litera to z, nie s. Zatem piszemy mgr bez kropki, bo tu chodzi o "magisteR".

Jeżeli rozmawiamy np. z magistrem, to piszemy "Rozmawiamy z mgr. Nowakiem". Piszemy mgr. teraz z kropką, bo tu chodzi o "magistrem". Ostatnia litera w tym przypadku to m, a nie r, zatem piszemy w tym przypadku mgr. z kropka. Ale tutaj: '"Jest mgr Nowak". piszemy mgr bez kropki.

Istnieją też skróty, które piszemy z kropką mimo, że skrót kończy się na taką samą literę jak cały wyraz - ale ta litera występuję też wcześniej w danym wyrazie i skrót powstał przez 'obcięcie' wyrazu do tej właśnie litery.

Dobry przykład: dyrektor - piszemy 'dyr. Jan Kowalski'.